تفاوت اصلی بین ماشین های فرز عمودی و ماشین های فرز افقی، آرایش عمودی دوک است. علاوه بر آرایش های مختلف دوک، میز کار را می توان بالا و پایین کرد. فرزهای مورد استفاده در ماشین های فرز عمودی نسبتا انعطاف پذیر بوده و کاربرد وسیع تری دارند. می توان از آسیاب های انتهایی، چاک کاترهای ماشینی، مته ها و ... استفاده کرد. دستگاه های فرز افقی نیز می توانند از ابزارهای برش مختلفی که در بالا ذکر شد استفاده کنند، اما به اندازه دستگاه های فرز عمودی راحت نیستند. مزیت اصلی این است که می توان از قاب های آویز برای افزایش استحکام ابزارهای برش (عمدتا فرز سه طرفه، فرز ورق و غیره) استفاده کرد. شیارهای آسیاب کن، هواپیماهای فرز، برش و غیره. ماشین های فرز افقی معمولاً دارای سر فرز عمودی هستند که اگرچه به اندازه دستگاه های فرز عمودی قوی و سفت نیست، اما برای انجام عملیات فرز عمودی کافی است. این باعث می شود عملکرد کلی ماشین های فرز افقی قوی تر از ماشین های فرز عمودی باشد. ماشین های فرز عمودی این ویژگی را ندارند و نمی توانند قطعات کار مناسب برای فرز افقی را پردازش کنند. بهره وری بالاتر از ماشین های فرز افقی است.
دستگاه فرز عمودی برای پردازش قطعات مختلف مانند سطوح صاف، سطوح شیبدار، شیارها، سوراخ ها و غیره مناسب است. این دستگاه برای صنایعی مانند ساخت مکانیکی، قالب، ابزار، متر، خودرو، موتور سیکلت و غیره می باشد.
صرفه جویی در سرمایه گذاری تجهیزات با این حال، به دلیل تعداد زیاد کارهای فرد در فرز عمودی، این دستگاه فرز افقی با سر فرز عمودی در واقع هر روز سر فرز عمودی را آویزان می کند. هنگامی که برای فرز عمودی استفاده می شود به اندازه یک ماشین فرز عمودی مناسب نیست. فرز افقی معمولاً برای ماشینکاری چرخ دنده ها، اسپلاین ها، شکاف ها، برش ها و غیره استفاده می شود. ماشین های فرز عمودی نه تنها برای ماشین کاری مسطح، بلکه برای قطعات کار با اشکال هندسی بالا، پایین، منحنی و مستقیم مانند قالب ها استفاده می شود. فرز عمودی می تواند مهارت های خود را تا حد زیادی نشان دهد.